由于石墨坩堝擁有體積密度大、耐高溫、傳熱快、耐酸堿侵蝕、高溫強度大、抗氧化性能高等特點，因此，在使用過程中難免會用來防止腐蝕性物質(zhì)。雖然石墨坩堝具有抗酸抗堿的能力，但是對于個別原料的煉制，在坩堝使用以后的清理工作卻很麻煩。

石墨坩堝的清洗首要進行的工作是將坩堝內(nèi)的化學物質(zhì)清理出來，然后進行清潔，我們需要根據(jù)石墨坩堝內(nèi)的殘余物質(zhì)是什么來決定用什么東西來清洗，一般石墨坩堝上的附著物是無機燃燒后的殘渣，我們可以使用鹽酸來進行清理，大多數(shù)都是可以溶的，一些含有碳成分的殘留物，使用鹽酸是不能溶解的的，這時可以使用硝酸進行清洗，因為硝酸具有強氧化性，在清洗時也可以適當加熱。

對于那些清理的物質(zhì)，可以在稀鹽酸或稀硝酸內(nèi)煮沸注意所用的鹽酸中不得含有硝酸，硝酸鹽，鹵素等到氧化劑。如果稀硝酸尚不能洗凈時，則用焦硫酸鉀，碳酸鈉或硼砂熔熔清洗。

石墨坩堝需要保持清潔，內(nèi)外應(yīng)光亮，經(jīng)過長久灼燒后，坩堝外表可能黯然無光，日久必深入到內(nèi)部致使坩堝脆弱破裂，因此必須清楚不清潔之物。如仍有五點或表面發(fā)烏，則用通過100篩目的無尖銳棱角的細砂，用水潤進行輕輕摩擦，使表面回復光澤。